1. Налоговый агент должен сообщить налогоплательщику в течение 10 рабочих дней о факте переплаты подоходного налога и сумме НДФЛ, излишне удержанной с его зарплаты (п. 6 ст. 6.1, абз. 2 п. 1 ст. 231 НК РФ). Оповещение можно составить в произвольной форме и направить налогоплательщику любым согласованным с налогоплательщиком способом (письмо Минфина РФ от 16.05.2011 № 03-04-06/6-112, п. 1).
2. Возврат излишне удержанного НДФЛ возможен только при наличии заявления налогоплательщика в письменной форме (п. 1 ст. 231 НК РФ, письмо Минфина РФ от 19.10.2012 № 03-04-05/10-1206) в бумажном или электронном виде (письмо Минфина РФ от 08.07.2019 № 03-04-06/51172). Срок подачи заявления – 3 года со дня уплаты налога (письмо Минфина РФ от 01.03.2017 № 03-04-05/11548). Заявление составляется в свободной форме. В нем указывается банковский счет сотрудника. Возврат переплаты возможен только по безналичному расчету (абз. 4 п. 1 ст. 231 НК РФ). Если срок превышен, то налоговый агент не обязан возвращать переплату заявителю.
3. Возврат излишне удержанного НДФЛ работодателем должен быть осуществлен в течение 3 месяцев со дня подачи заявления (абз. 3 п. 1 ст. 231 НК РФ).
4. Если работодатель нарушит срок возврата излишне уплаченного НДФЛ, то будет вынужден оплатить работнику проценты за просрочку возврата денежных средств. Процентная ставка рассчитывается на каждый день и равна ставке рефинансирования ЦБ РФ, которая действует на тот момент (абз. 5 п. 1 ст. 231 НК РФ).
Сумма НДФЛ, излишне уплаченная в ФНС, может быть возвращена за счет текущих налоговых перечислений, как с зарплаты конкретного сотрудника, так и с доходов других работников.
Если налоговый агент не в состоянии вернуть излишне уплаченный НДФЛ, то он может обратиться в ФНС с заявлением на возврат излишне удержанного НДФЛ на протяжении 10 рабочих дней с момента подачи заявления работника (абз. 6, 8 п. 1 ст. 231 НК РФ). Также работодатель должен предоставить в налоговую инспекцию документы, подтверждающие факт переплаты, и выписку из регистра налогового учета за период переплаты. Налогоплательщик не должен писать повторного заявления (письмо Минфина России от 16.05.2011 № 03-04-06/6-112, п. 2).